Depuis 1988, le protocole est un accord triennal négocié entre l’administration et les Organisations Syndicales représentatives de la DGAC.
En 2016, cet accord est devenu quadriennal (protocole 2016-2019).

À l’issue des négociations protocolaires, le texte est présenté à la signature des OS.
Le protocole est adopté s’il est signé par des OS représentants plus de 50% des agents de la DGAC.
Les OS signataires participent ensuite à des Groupes de Travail (GT) avec l’administration pour mettre en œuvre le contenu du protocole. 

La démarche protocolaire a permis d’obtenir des avancées sociales significatives pour tous les agents de la DGAC.

Les négociations du protocole 2020-2024 ont été stoppées en mars 2020 suite à la crise sanitaire liée à la COVID-19.
La DGAC a annoncé fin 2022 sa volonté de conclure un nouveau protocole social pour la période 2023-2027.